Лаборатория геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета

Договор № 14.W03.31.0005
Достижения и публикации
Конференции
Международные конференции - 21
Tumors and Immune Systems: From Theory to Therapy - 1
Autoimmunity: Basic and Clinical Summer School (ABC6) – 1
AIRR Community Meeting IV: "Bridging the Gaps" – 2
The 1st Congress of APITA (Asian Pancreas and Islet Transplant Association) - 1
XXVI Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов" – 1
SPIEPhotonicsWest 2019 – 1
SPIE Photonics West - 2017 - 1
Systems Biology of Adaptive Immunity - 2
Topical problems of biophotonics - 5
17th Congress of the European Society for Photobiology - 1
SPIE Photonics West Bios - 2018 - 1
Antibody Engineering & Therapeutics Europe - 1
LASERLAB EUROPE USER TRAINING WORKSHOP on Time-Resolved Techniques - 1
Immuno-Oncology 2018 - 1
Laser Applications in Life Sciences Conference (LALS 2018) 1
5th European Congress of Immunology (ECI 2018) 1
2nd International Meeting on: stochasticity and control in adaptive immune repertoires 1
Lymphocyte antigen receptor signaling 1
Biomembranes'18 1 3rd School on Advanced Fluorescence Imaging Methods (ADFLIM) 1
8th Advanced Optical Methods Workshop 1

Российские конференции - 16
X Съезд онкологов России – 1
VOLGAMEDSCIENCE. Пятая Всероссийская конференция молодых ученых и студентов с международным участием - 1
Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» - 1
XXXI молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии - 1
15-ый междисциплинарный конгресс по аллергологии и иммунологии – 1
Наука будущего – Наука молодых 1
Печень, поджелудочная железа. Хирургические, трансплантационные и клеточные технологии лечения 1
III Открытая молодёжная научно-практическая междисциплинарная конференция учреждений ФАНО Нижегородской области (МНПМК – 2018) 1
Научная сессия молодых учёных и студентов «Медицинские этюды» 1
71-я Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2
V Съезд фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств» 1
23-я Нижегородская сессия молодых ученых 1
Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии 1
Биотехнология: состояние и перспективы развития 1
Научный семинар «Современные технологии анализа и выделения клеток для клеточных и молекулярных исследований» 1
IV всероссийская конференция по молекулярной онкологии 1
Спецкурсы
В рамках реализации проекта членами научного коллектива был создан и внедрен новый образовательный курс «Иммунология» для аспирантов НижГМА по направлениям подготовки: 30.06.01 Фундаментальная медицина, 06.06.01 Биологические науки.
Cеминары и мероприятия
2018
1. 8 февраля – Шаронов Г.В., Шумилова А.В. «Особенности иммуногистохимического анализа лимфоцитов в опухолях»
2. 10 февраля – Миличко В.А., к.ф.-м.н., доцент кафедры нанофотоники и метаматериалов, научный сотрудник кафедры нанофотоники и метаматериалов Университета ИТМО, г. Санкт-Петербург, «Гибридные фотонные наноустройства: современное состояние и тенденции развития»
3. 13 февраля – Шаронов Г.В. «Приложения высокоразрешающей локализационной микроскопии в современных исследованиях»
4. 14 февраля – Барбашова Л.Н. «Особенности работы и содержания трансгенных мышиных линий»
5. 19 марта – Чудаков Д.М. «Геномика адаптивного иммунитета как подход к индивидуальной диагностике»
Мамедов И.З. «Усовершенствованная методика детекции опухолевых лимфобластов при Т-клеточных лейкозах»
6. 23 марта – Щеславский В.И., компания Becker & Hickl GmbH, Берлин, Германия, «Триплетные состояния в генетически кодируемых белках: возможности для имиджинга»
7. 02 апреля – Чудаков Д.М. «Разнообразие репертуаров Т-клеточных рецепторов человека и его изменения в ходе старения»
8. 17 апреля – Тучин В.В., д.ф.-м.н., профессор, заслуженный деятель науки РФ, заведующий кафедрой оптики и биофотоники ФГБОУ ВО «Саратовский национальный исследовательский государственный университет имени Н.Г. Чернышевского», Оптическое просветление биологических тканей: механизмы и приложения в оптической визуализации
9. 29 мая – Южакова Д.В. «Гистология третичных лимфоидных структур в опухолях»
10. 7 июня – Шаронов Г.В. «Возможности микроскопии сверхвысокого разрешения в решении биологических задач»
11. 8 июня - Клеточные технологии Мелешина А.В. «Клеточные технологии и их применение»
12. 5 июля - Иммунотерапия рака
Кузнецова Д.С. «Современные подходы и проблемы иммунотерапии рака»
Чудаков Д.М. «Подходы к повышению эффективности иммунотерапии рака с использованием данных транскриптомного анализа опухоль-инфильтрирующих лимфоцитов»
13. 9 июля - Дмитриев Р.И., к.х.н., starting Investigator, Metabolic Imaging Group, University College Cork, Ireland, ведущий научный сотрудник Института регенеративной медицины Сеченовского Университета «Multi-parametric FLIM-PLIM microscopy of 3D tissue models»
14. 20 сентября - ДНК в глиомных клетках опухолей (семинар с участием врачей-нейрохирургов Университетской клиники ПИМУ)
Южакова Д.В. «Возможные способы определения количества ДНК в глиомных клетках опухолей различной степени злокачественности»
15. 31 октября - Иммунотерапия опухолей головного мозга
Южакова Д.В. «Иммунотерапия рака, основные направления и современное состояние»

2017
1. 15 февраля – Клональный состав опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов как прогностический и предиктивный маркер при лечении онкологических заболеваний
Чудаков Д.М. «Изменения, происходящие в клональном составе функциональных субпопуляций опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов (CD8+, CD4+. CD4+Treg) в ходе развития опухоли и в ответ на иммунотерапию – общие закономерности»
Клементьева Н.В. «Клональный состав субпопуляций Т-лимфоцитов в периферической крови как фактор прогноза онкологических заболеваний и предсказания эффективности иммунотерапии»
2. 14 марта - Клональный состав опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов как фактор прогноза и маркерпотенциальной чувствительности опухоли к различным видам иммунотерапии
Чудаков Д.М. «Влияние иммунотерапии моноклональными антителами - ингибиторами различных контрольных точек иммунной системы на клональный состав функциональных субпопуляций опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов – общие закономерности»
Южакова Д.В. «Экспериментальный подбор оптимального сочетания опухолевой модели и схемы иммунотерапии для исследования влияния иммунотерапии моноклональными антителами на состав и свойства опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов».
3. 12 апреля - Влияние иммунотерапии ингибиторами контрольных точек на клональный состав функциональных субпопуляций Т-лимфоцитов на клинических образцах опухолей у пациентов: планирование и перспективы
Кузнецова Д.С., Загайнов В.Е., Комаров Д.В. «Клональность CD4+, CD4+Treg, CD8+, и CD8+PD1+ Т-лимфоцитов в опухоли как прогностический фактор при раке толстого кишечника».
4. 25 апреля - Иммунотерапия парных опухолей у мышей C57Bl/6: первые результаты
Барбашова Л.Н. «Разработка модели парных мышиных опухолей с хирургической резекцией»
Д.В. Южакова: «Исследование роста парных опухолей у молодых и стареющих мышей C57Bl/6 после проведения иммунотерапии»
5. 17 мая - Систематизирование кДНК библиотек генов Т-клеточных рецепторов и биоинформатический анализ
Шугай М.А. «Основы получения кДНК библиотек генов альфа и бета-цепей Т-клеточных рецепторов для массированного секвенирования»
6. 31 мая – Методы секвенирования нового поколения: подбор оптимальных параметров и алгоритмы анализа данных
Шаронов Г.В. «Разнообразие методов секвенирования ДНК старого и нового поколения»
Мамедов И.З. «Анализ данных массированного секвенирования репертуаров Т-клеточных рецепторов»
7. 14 сентября - Репертуары Т-клеточных рецепторов в образцах опухолей и крови пациентов
Кузнецова Д.С., Загайнов В.Е., Комаров Д.В. «Определение клональной структуры для сортированных CD4+, CD4+Treg, CD8+, и CD8+/PD-1+ субпопуляций Т-лимфоцитов в периферической крови пациентов».
8. 16 октября - Генотипирование трансгенных мышей методом проточной цитофлуориметрии и методом ПЦР
Шаронов Г.В. «Отработка методики генотипирования трансгенных мышей методом проточной цитофлуориметрии»
Барбашова Л.Н. «Особенности генотипирования трансгенных мышей методом ПЦР»
9. 22 ноября – Виды иммунотерапии на животных с прививными опухолями
Чудаков Д.М. «Анализ современных исследований, посвящённых иммунотерапии моноклональными антителами на модельных опухолях у животных»
Южакова Д.В. «Разработка схем иммунотерапии парных и одиночных опухолей антителами anti-PD-1 и anti-CTLA-4 на модели мышиной меланомы и оценка иммунотерапевтической эффективности терапии».
10. 7 декабря - Патоморфологический и иммуногистохимический анализ опухолевого материал, морфометрический анализ результатов
Снопова Л.Б. «Основы иммуногистохимического анализа опухолевой ткани».
Вклад в развитие вуза и российского исследовательского сообщества
Создаваемая лаборатория по функциональным и структурным характеристикам логично вписывается в имеющуюся инфраструктуру, и обеспечит синергетический эффект с повышением качества исследований не только по создаваемому направлению, но и по существующим тематикам.

Накопленный в НИИ БМТ опыт экспериментальной работы с модельными животными полностью комплементарен возможностям Ведущего ученого в области анализа Т-клеточного адаптивного иммунитета. Соединение опыта Ведущего ученого и Нижегородской группы ученых создаёт уникальную основу для формирования полного цикла современных научных исследований, необходимых для выявления роли Т-лимфоцитов в иммунотерапии онкологических заболеваний. Такое сочетание должно обеспечить высокий уровень фундаментальных исследований в этой актуальной области.

Реализация проекта позволит осуществить:

  • Повышение материально-технической базы ВУЗа; за счет создания высокотехнологичной лабораторной базы.
  • Открытие новых перспективных направлений исследований в области иммунологии.
  • Повышение уровня практической подготовки и переподготовки специалистов в области фундаментальной биомедицины, биотехнологий и практической медицины.
  • Расширение научных связей НижГМА, привлечение специалистов для сотрудничества.
  • Повышение уровня региональных исследований, вклад в имидж и инвестиционную привлекательность региона.
Сотрудники
Научные сотрудники
Молодые учёные
Аспиранты
Студенты
Научные сотрудники
Чудаков Дмитрий Михайлович
д.б.н., профессор РАН,
Заведующий лабораторией Геномики адаптивного иммунитета ФГБУН ИБХ РАН, заведующий научной лабораторией геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Загайнова Елена Вадимовна
д.м.н., профессор РАН
Директор НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Ширманова Марина Вадимовна, к.б.н.
Заместитель директора по науке НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Снопова Людмила Борисовна, д.б.н.
Заведующий отделом морфологии ЦНИЛ ПИМУ
Загайнов Владимир Евгеньевич, д.м.н., доцент
Заведующий кафедрой хирургических болезней ПИМУ
Британова Ольга Владимировна, к.б.н.
С.н.с. лаборатории геномики адаптивного иммунитета ИБХ РАНс.н.с. лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Мамедов Ильгар Зияддинович, к.б.н.
С.н.с. лаборатории сравнительной и функциональной геномики ИБХ РАН
с.н.с. лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Староверов Дмитрий Борисович, к.б.н.
Н.с. отдела молекулярных технологий НИИ трансляционной медицины РНИМУ им. Н.И. Пирогова
н.с. лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Шаронов Георгий Владимирович, к.ф.-м.н.
С.н.с. лаборатории оптической микроскопии и спектроскопии ИБХ РАН с.н.с. лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Молодые учёные
Мелешина Александра Викторовна, к.б.н.
заведующий лаборатории регенеративной медицины
НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Турчанинова Мария Андреевна, к.б.н.
Н.с. лаборатории геномики адаптивного иммунитета ИБХ РАН

н.с. лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Шугай Михаил Александрович, к.б.н.
Н.с. лаборатории геномики адаптивного иммунитета ИБХ РАН

н.с. лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Карабут Мария Михайловна, к.б.н
Н.с. лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Кузнецова Дарья Сергеевна, к.б.н.
М.н.с. лаборатории регенеративной медицины
НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Южакова Диана Владимировна, к.б.н.
М.н.с. лаборатории флуоресцентного биоимиджинга НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Израельсон Марк Александрович
М.н.с. лаборатории молекулярной онкологии НИИ трансляционной медицины РНИМУ им. Н.И. Пирогова

м.н.с. лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Лукина Мария Максимовна
М.н.с. лаборатории индивидуальной химиотерапии рака НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Егоров Евгений Станиславович
Н.с. лаборатории геномики адаптивного иммунитета ИБХ РАН

н.с. лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Изосимова Анна Вячеславовна
Лаборант лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Аспиранты
Барбашова Лилия Николаевна
Аспирант кафедры патологической физиологии ПИМУ

заведующий виварием
НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Плеханов Антон Андреевич
Аспирант кафедры патологической физиологии ПИМУ лаборант лаборатории оптической когерентной томографии
НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Морев Антон Владимирович
Аспирант кафедры неврологии, нейрохирургии и медицинской генетики ПИМУ
Гаврина Алена Игоревна
Аспирант ННГУ им. Н.И. Лобачевского

м.н.с. лаборатории флуоресцентного биоимиджинга НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Наконечная Татьяна Олеговна
Аспирант ИБХ РАН

инженер лаборатории геномики адаптивного иммунитета ИБХ РАН

лаборант лаборатории Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета НИИ ЭО и БМТ ПИМУ
Полозова Анастасия Владимировна
Младший научный сотрудник лаборатории флюоресцентного биоимиджинга
НИИ ЭО и БМТ ПИМУ

Аспирант ННГУ им. Н.И. Лобачевского
Студенты
Плеханова Мария Александровна
студент ПИМУ
Чилипёнок Александра Сергеевна
студент ПИМУ
Завьялова Дарья Сергеевна
студент ПИМУ
Астафьева Ангелина Вадимовна
студент ПИМУ
О лаборатории
Лаборатория «Геномики адаптивного противоопухолевого иммунитета» Нижегородской государственной медицинской академии создана в рамках Проекта «Клональный состав опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов как прогностический и предиктивный маркер при лечении онкологических
заболеваний», проводимого под руководством Ведущего ученого д.б.н., проф. РАН Чудакова Дмитрия Михайловича в соответствии с Договором № 14.W03.31.0005 с Минобрнауки России от 09 февраля 2017 года в рамках постановления Правительства РФ от 9 апреля 2010 г. № 220 «О мерах по привлечению ведущих ученых в российские образовательные учреждения высшего профессионального образования».
Лаборатория сосредоточит усилия на исследовании клонального состава функциональных популяций опухоль-инфильтрирующих Т-лимфоцитов как
прогностического и предиктивного маркера развития онкологических заболеваний и эффективности различных методов иммунотерапии.

Нас интересует:
  • каким образом иммуносупрессионная активность опухоли влияет на клональный и функциональный состав опухоль-инфильтрирующих Т- лимфоцитов;
  • как иммунотерапия с использованием ингибиторов контрольных точек способна повлиять на устоявшиеся взаимоотношения опухоли и адаптивного иммунитета, на клональный состав опухоль-инфильтрирующих и в, том числе, опухоль-специфичных Т-лимфоцитов;
  • насколько эффективным прогностическим маркером может служить информация о клональном разнообразии опухоль-инфильтруирующих Т- лимфоцитов, а также определенных субпопуляций Т-лимфоцитов крови (таких как CD8+PD1+) при лекарственной терапии, и как эта информация может быть рационально интерпретирована для индивидуального подбора иммунотерапевтического вмешательства;
  • как различаются представленность и репертуар опухоль-специфичных Т- лимфоцитов в молодом и пожилом возрасте, как различается ответ на иммунотерапию, возможно ли замедлить старение противоопухолевого Т- клеточного иммунитета;
  • насколько воздействие иммунной системы влияет на структурную организацию опухоли, какие изменения в структуре опухоли происходят в ответ на иммунотерапию тем или иным ингибитором контрольных точек.
Насколько выражена возрастная зависимость структуры опухоли. Лаборатория позволит комплементарно задействовать компетенции приглашенного ученого, входящего в число мировых лидеров в области массированного анализа репертуаров рецепторов иммунных клеток, и коллектива НИИ Биомедицинских технологий, обладающего многолетним опытом в исследованиях на мышиных моделях перевиваемых опухолей и метастазирования.
В тесном взаимодействии с клиницистами (ПОМЦ ФМБА России, ФГБНУ «РОНЦ им. Н. Н. Блохина» РАМН), со специалистами по генетике опухолей, а
также в сотрудничестве с международно известными специалистами по иммунотерапии (Проф. Ton Schumacher, Нидерланды), и биологии регуляторных Т- лимфоцитов (Проф. Александр Руденский, США), мы рассчитываем на получение прорывных результатов, способных существенно повысить эффективность и ускорить внедрение рациональных методов иммунотерапии в клиническую практику.
Структура лаборатории
Созданная лаборатория способна проводить полный цикл исследовательских работ - от операций с экспериментальными животными до биоинформатической работы по анализу данных массированного секвенирования репертуаров Т-клеточных рецепторов. Лаборатория укомплектована всем необходимым оборудованием (практически все необходимое оборудование имеется в наличии) и включает следующие основные блоки:
1. Блок экспериментальной онкологии, включающий операционную для работы с экспериментальными животными и минививарий по стандартам SPF (система особо чистых помещений, включающих моечную с системой автоклавирования, предбокс, коридор-распределитель и три изолированных чистых помещения под содержание животных). Блок снабжен базовым оборудованием и необходимым инструментарием для выполнения биологических и хирургических манипуляций (операционный стол, стереомикроскоп, хирургическая лампа, сухожаровой шкаф, дистиллятор, набор микрохирургических инструментов).
2. Морфологический блок (пробоподготовка препаратов, иммуногистохимия, иммуноцитохимия), включающий комплекс оборудования для выполнения полного спектра морфологических исследований: автоматический вибрационный микротом для приготовления срезов без предварительной обработки тканей; микроскоп с функциями светлого, темного поля, поляризации и флуоресценции с цветной охлаждаемой камерой; криомикротом; автоматическая станция для консолидации изображений (сопоставление морфологических, конфокальных изображений).
3. Блок сортировки клеточных популяций, включающий в себя системы анализа и сортировки клеток методом проточной цитометрии, а также магнитной
сепарации клеточных популяций. Блок оснащен сортером клеток, проточным цитофлуориметром, магнитным сепаратором и центрифугой с функцией
охлаждения, а также оборудованием для работы с культурами клеток человека и мыши (ламинарно-потоковый шкаф, центрифуга, СО2-инкубатор, микроскоп с функцией светлого поля, гомогенизатор тканей, низкотемпературный морозильник).
4. Блок молекулярной биологии, включающий в себя комплекс приборов для выделения РНК и ДНК, приготовления молекулярно-баркодированных кДНК
библиотек для массированного секвенирования, ПЦР анализа. Блок снабжен ПЦР- боксом, ДНК-амплификаторами, твердотельными термостатами, лабораторными микроцентрифугами, центрифугами-вортекс, системой тонкой очистки воды, а также оборудованием для электрофореза и гель-документирования.
5. Блок анализа данных (первичная биоинформатическая обработка данных массированного секвенирования, сравнительный пост-анализ полученных
репертуаров Т-клеточных рецепторов, работа с метаданными). Блок представлен компьютерным залом и программными пакетами для первичного анализа и сравнительного пост-анализа данных массированного секвенирования репертуаров Т-клеточных рецепторов, анализа изображений, хранения полученной информации в базах данных, статистической обработки и интерпретации результатов.
Контакты
г. Нижний Новгород, ул. Медицинская, 1
Тел.: +7 (831) 465-56-72
Почта: niibmt@pimunn.ru
директор, д.м.н., доцент, профессор РАН
Загайнова Елена Вадимовна
Окончила с отличием Нижегородский медицинский институт по специальности «педиатрия» в 1995 году. В 1998 году защитила кандидатскую диссертацию, в 2007 году защитила докторскую диссертацию. В 2016 году присвоено звание «Профессор РАН», в 2019 – звание доцента. Под eё руководством в 2013 году на базе НижГМА создан новый Научно-исследовательский институт биомедицинских технологий, который в настоящее время переименован в НИИ экспериментальной онкологии и биомедицинских технологий. Является автором более 200 научных работ в ведущих отечественных и зарубежных журналах, 17 российских патентов.
В 2009-2018 гг под её научным руководством защищено 6 кандидатских диссертаций, в качестве научного консультанта – 1 докторская диссертация. Защищено 12 дипломов специалистов (по специальности биофизика). Член редколлегии журнала «Современные технологии в медицине». Рецензент журналов «Journal of Biophotonics» и «Journal of Biomedical Optics». Член совета по науке при Министерстве науки и высшего образования. Член экспертных советов РФФИ, ФЦП, Отделения Физиологических наук РАН, Минздрава России. Член экспертного совета ВАК по медико-биологическим наукам. Член программных комитетов международных конференций SPIE, LALS, FLIM WorkShop. Организатор-председатель международного симпозиума Topical problems of biophotonics. Область научных интересов включает экспериментальную онкологию и биомедицинские технологии в регенеративной медицине.